El nombre del municipio es de origen incierto, aunque posiblemente tenga relación con maíllo o maguillo, 'manzano silvestre', voz que, según COROMINAS, parece documentada entre 1220 y 1250 bajo la forma maiello, y su femenino maiella y de los que derivan los vulgarismos maguiello y maguiella. Es preciso resaltar que en El Maíllo abundan los manzanos.

    Los datos documentales sobre su historia son muy escasos, que los archivos fueron quemados en los primeros años de la década de 1930, y solamente se conservan los registros a partir de 1936. Restos históricos de distinto carácter son hoy día Las Cuevas del Pinalejo, y el Convento de Casa Baja. 

    Historia y leyenda se entremezclan también en lugares cercanos a el Maillo y relacionados con el. La Historia de la Peña de Francia, editada en Salamanca, 1567, nos cuenta que "en la destrucción famosa de España , que hicieron los moros , se hallaron sin duda, en aquellas partes personas señaladas de Francia, por causas propias suyas o comunes de los reinos, como ágora muchas de las muestras en Francia o por que eran moradores en las ciudades comarcanas. Y otros por ventura vinieron con celo de la fe, fraterna caridad a ayudar a los de España contra los moros, entre los cuales afirman que hubo un santo obispo, que se llamaba Hilario". Para defenderse de los moros construyeron "grandes baluartes de piedra seca en las partes flacas. De las cuales hasta nuestros días permanecen  señales , y de otras cuevas, que para otros efectos no se cree haber sido hechas, de las cuales aun se muestran hechas dos, en un lado de la misma sierra al poniente". Vencidos por los moros en Monsagro, el obispo Hilario cayó en el combate y fue enterrado a 17 kms. de El Maíllo. el lugar recibiría por ello "el nombre de Sepulcro Hilario", y sucediendo los tiempos se corrompió el vocablo y se llama una aldea, que allí se pobló, Sepulculario".

    Una vez más , el Padre Morán dejará las cosas en su marco histórico: "Por esta parte está Monsagro, 'monte sagrado', porque sirvió de sepultura a los cristianos muertos en batalla contra los árabes en tiempos de Ordoño I. El obispo Hilario, herido en la refriega, sucumbió en la cercanías, y en sepulcro dio origen al pueblo que llaman Sepulcrohilario. No se ha encontrado tal momento a pesar de ciertas investigaciones".